山羊Pit-1基因遗传多态性及与生长性能的相关性分析

以河西绒山羊、陇东绒山羊、辽宁绒山羊和内蒙古绒山羊为研究对象,采用PCR-SSCP和测序技术对Pit-1基因第6外显子进行多态性研究,并分析该基因多态性与山羊体质量和体尺性状的关系.结果表明:Pit-1基因第6外显子存在2个SNPs位点并形成AA、AB、BB、AC和BC 5种基因型,BB为优势基因型.除内蒙古绒山羊外,其他3个山羊群体的基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡状态.最小二乘法分析表明,AB基因型个体的体质量、胸围显著高于BC基因型(P<0.05),其他基因型间差异不显著(P>0.05).Pit-1基因是山羊生产育种应用中的一个有效遗传标记.     

Translation of continuous artificial selection on phenotype into genotype during rice breeding programs

Understanding genetic diversity among local populations is a primary goal of modern crop breeding programs. Here, we demonstrated the genetic relationships of rice varieties in Hokkaido, Japan, one of the northern limits of rice cultivation around the world. Furthermore, artificial selection during rice breeding programs has been characterized using genome sequences. We utilized 8,565 single nucleotide polymorphisms and insertion/deletion markers distributed across the genome in genotype-by-sequencing for genetic diversity analyses. Phylogenetics, genetic population structure, and principal component analysis showed that a total of 110 varieties were classified into four distinct clusters according to different populations geographically and historically. Furthermore, the genome sequences of 19 rice varieties along with historic representations in Hokkaido, nucleotide diversity and F_ST values in each cluster revealed that artificial selection of elite phenotypes focused on chromosomal regions. These results clearly demonstrated the history of the selections on agronomic traits as genome sequences among current rice varieties from Hokkaido.     

粳稻食味仪测定值与食味品尝综合值的相关性分析

用日本佐竹公司生产的食味仪(RCTA-11A)测定了100份粳稻稻米的食味值,同时进行食味品尝评分,分析了两者之间的相关性.结果表明:食味仪测定的食味值与食味品尝综合值之间存在极显著相关性,相关系数为0.768;各食味品尝指标(外观,香气,味道,粘性,硬度,适口性)间除硬度与外观、硬度与适口性之间相关性不显著外,均存在极显著的相关性;在食味品尝指标中,外观、味道、硬度和适口性与食味值的相关系数达到显著水平,该研究还对米饭食味品质的不同评价方法进行了比较.     

食味特性因子及理化性状对粳稻食味品质的影响

以天津和日本推广的23个粳稻品种为试材,对食味特性因子、理化性状与食味综合评价值的相关性进行分析。结果表明,米饭的味道、粘性、外观是影响食味的主要特性因子,与综合评价值呈极显著正相关;直链淀粉和蛋白质含量与综合评价值呈负相关。食味品质优良的品种,直链淀粉含量16%～17%,蛋白质含量7%～8%。     

焦磷酸测序技术及其在水稻单核苷酸多态性研究中的应用

焦磷酸测序技术是一项新型的DNA测序技术,具有高度的可重复性、并行性和自动化特点。文章综述了焦磷酸测序技术的基本原理、测序过程及其在水稻单核苷酸多态性研究中的应用。     

水污染物对革胡子鲇味觉功能的影响

革胡子鲇鼻粘膜毁损后，对亚致死的水污染物ＤＤＴ，硫酸铜，苯酚，ＬＡＳ。等表现出回避行为。当鱼的上颌须被切除后，回避反应几乎消失。用水污染物灌流上颌须，亦无反应信号。水污染物子早期降低了上颌须味蕾对味觉刺激物的相对反应强度。但对味觉器官的组织结构无明显损伤。苯酚村求以应有先增强后减弱的现象。因此认为，水污染物的作用，与味觉感受器的突触有关。     

茶树多酚氧化酶基因的SNP分析

选取有代表性的40个茶树品种(系)为材料,先采用PCR-SSCP-银染检测技术,对供试材料的多酚氧化酶(PPO)基因进行SSCP分析,对PPO基因作初步基因分型;根据分型分析结果,对每一类型选择典型品种的PPO基因作进一步的DNA序列分析,用DNASTAR Program进行单核苷酸多态性(SNP)搜寻.结果表明,茶树PPO基因存在丰富的SNP,其类型包括:转换(AG,CT)、颠换(AT,GC,G→T,A→C)与杂合子(C/T,A/G,G/T,A/T,A/C,G/C).在发现的37个SNPs中,有13个SNPs发生在核酸内切酶酶切位点,有10个错义SNPs位点导致氨基酸的改变.在PPO基因的保守序列区,出现SNP的频率较低.     

Bt cry序列本地数据库的建立及本地BLAST的实现

根据研究的实际需要,运用winSDK设计了一个可视化的BLAST接口程序,利用此程序可以构建本地核酸和蛋白序列数据库与进行本地BLAST。在此基础上建立了苏云金芽孢杆菌(Bt)cry基因的本地核酸序列数据库,并进行了本地BLAST。与先前文献中介绍的本地BLAST实现的方法相比,此方法操作简便、并可根据实际需要随意定制相关数据库;在与NCBI的BLAST进行比较后发现,本地BLAST还具有个性化、准确性强、可信度高等特点。     

小麦TaDREB1基因的单核苷酸多态性分析

 TaDREB1是一种转录因子，调控抗旱等抗逆相关基因的表达。以抗旱性不同的20份六倍体小麦和3份小麦的二倍体近缘种为材料，用直接测序法筛查TaDREB1基因DNA序列的单核苷酸多态性，在23份材料的38 038bp序列中发现了271个SNP和14个InDel，平均140 bp中有1个SNP，2 717 bp中有1个InDel。核苷酸多样性（Л）分析表明，小麦二倍体近缘种的Л值（0.02188）明显大于六倍体小麦的Л值（0.01029），说明该基因在二倍体种中的变异程度大于六倍体小麦，可能原因是六倍体小麦长期承受强大的人工选择压力。单倍型分析揭示了TaDREB1基因单核苷酸多态性与抗旱性表型的相关性，但同时也发现在个别单倍型里既有抗旱型材料又有对水分比较敏感的材料，揭示了抗旱性的复杂性，说明仅用TaDREB1基因的单核苷酸多态性还不能完全解释抗旱性复杂的表现型。     

橡胶丛枝病分子检测研究

感染橡胶丛枝病的长春花（菟丝子桥接），通过提取其总DNA，以植原体（phytoplasma）特异引物，进行PCR扩增，结果得到860bp的DNA片断，片断的大小与设计的相符。而健康长春花扩增得不到此片断。同样，将感染丛枝病的橡胶树总DNA，进行PCR扩增，结果与上述相同。该860bp片断经地高辛标记，核酸杂交结果显示，感染丛枝病的橡胶树阳性反应强烈，健康橡胶树仅有微弱反应。